En los años 1781, 1791, 1795 y 1798 viajó para recolectar plantas y durante sus estancias estudió los remedios vegetales contra las enfermedades venéreas.
Cuando se organizó una expedición para difundir la vacunación contra la viruela América, se eligió a Balmis como comandante de la misma. El 30 de noviembre de 1903 la corveta María Pita salió del puerto Gallego de A Coruña con su grupo de expedicionarios:
Balmis, Antonio Salvanys, tres cirujanos, dos practicantes, cuatro enfermeros, y los 22 niños huérfanos que fueron los que se la transmitieron entre ellos, de brazo a brazo, cada 9-10 días, Otros niños de los países donde la expedición se detenía también llegaron a formar parte de dicha cadena.
El viaje alrededor del mundo duró casi cuatro años y puede ser considerado como la primera campaña global de vacunación.
Balmis murió en Madrid en 1819.
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